サーバーの起動時スクリプトは、以下の順番で実行されます。

　1.起動時スクリプトを設定してサーバーを作成する。
　　↓
　2.「~/.niftycloud_user_data」が作成され、起動スクリプトが実行される。
　　↓
　3.起動時スクリプトを設定しない状態でサーバーを再起動する。
　　または、OS上でサーバーの再起動コマンドを実行する。
　　↓
　4.「~/.niftycloud_user_data」が削除され、起動スクリプトは実行されない。

起動時スクリプトが実行されるタイミングについては、以下のFAQでご案内しておりますので、あわせてご確認ください。

【起動スクリプトが実行されるタイミングを教えてください。】
　https://faq.support.nifcloud.com/faq/show/102?site_domain=default