Windows Serverでは、標準状態でInternet Explorerセキュリティ強化の構成(Internet Explorer Enhanced Security Configuration)の設定が有効となっており、こちらが有効となっている場合は、インターネットオプションのセキュリティにおいて、レベルのカスタマイズが行えない仕様となっております。

レベルのカスタマイズを行う際は、IE起動時に右クリックより「管理者として実行」を選択してください。