コントロールパネルやAPIを用いてサーバーに設定されているSSHキーを変更することはできません。
サーバーにログインし、OS上から変更することができます。
以下を参照し、公開鍵、秘密鍵を設定してください。

【追加したアカウントでの、サーバーへのログイン方法】
https://pfs.nifcloud.com/guide/cp/login/add_account.htm

なお、OS上で新しく設定したSSHキーはコントロールパネルのサーバーの基本情報には表示されません。
表示されるのは、サーバー作成時に指定したSSHキーのみとなり、これを変更することはできません。
サーバー作成時に指定したSSHキーをコントロールパネルやAPIを用いて削除した場合、SSHキーは空欄となりますが、サーバーへのログインに問題はございません。