こちらの挙動は仕様となります。
起動スクリプトの設定画面から別画面に遷移するタイミングで、入力されたスクリプトは平文からbase64にエンコードいたします。
しかしながら、base64から平文にエンコードする機能はご用意しておりませんので、他画面より起動スクリプトの設定画面に戻られた際は、エンコード後の文字列にて表示され、文字が化けて表示されます。