可能です。

ニフクラではサーバー上に構築いただく環境について、特に制限を設けておりません。

したがいまして、3層モデルのシステムについても、お客様にて必要となる
環境の構築、適切な設定を行っていただくことで実現可能です。

なお、ニフクラ ブログにて、3層モデルシステムの構築に関わる記事がございますので、

参考情報としてご紹介いたします。

○ニフクラ ブログ
　ニフクラ探検隊　３層モデルのシステムを簡単に構築したい！
　http://blog.pfs.nifcloud.com/185/