基本的にはグローバルIPになりますが、何を対象とするかによって異なります。

WAF経由（1IPの先に複数台）の場合
→1IPとして考えます。
　診断の際は、WAFの設定で診断元（イエラエ社）のIPを許可していただく必要があります。

ロードバランサー経由（1IPの先に複数台）の場合
→FQDNの数となります。

WEBサーバーがマルチIP（1台の中に複数IP）の場合
→1IPとして考えます。

ご参考：
機能・サービス【脆弱性診断サービス Powered by GMOイエラエ】
https://pfs.nifcloud.com/service/vds.htm