ニフクラIDの発行数の上限は設けておりませんが、ニフクラID数増加に伴い、

利用されるリソースも増加していくと予想されます。
その場合、プライベートリージョンで提供されるリソースには限りがありますので、

新規ニフクラIDに対するリソースが不足するといった状況になる可能性があります。

▽ご参考
お申し込み【ニフクラIDの追加をご希望のお客様へ】
https://pfs.nifcloud.com/flow/id_add.htm