エージェントインストール時に生成されるFingerPrint情報を使用して、サーバーを識別しているため、ホスト名やIPアドレスを変更しても同じサーバーとして認識されるので問題ありません。

ご参考：
仕様・機能【サーバー向けクラウド型セキュリティ（Trend Micro Cloud One – Workload Security）】
https://pfs.nifcloud.com/service/dsaas.htm