サーバーの用途に応じて変化しますので目安は算出しておりません。
特定ファイルのスキャンにて高負荷が発生するようでしたら、以下リファレンスをご参考に

「(E) Exclusions」にて特定のディレクトリ／ファイルを検査除外することをご検討ください。

＜ESET Server Security for Linux(旧名称：ESET File Security for Linux)設定リファレンス＞
https://eset-info.canon-its.jp/files/user/html/support/efsl/1/1_1_3.html

＜Windows版＞※ご利用バージョンの情報をご参照ください。
https://eset-support.canon-its.jp/faq/show/64?site_domain=default

ご参考：
仕様・機能【ウイルス・スパイウエア対策（ESET Server Security）】
https://pfs.nifcloud.com/service/efs.htm