ライセンスは重複します。
なお、エージェントを有効化させた状態で複製するオペレーションは、ベンダーにて動作保証されておりません。
また、バックアップなどの目的で同じエージェントを複数個同時に動作させない場合は複製可能です。
ライセンス費用が追加で発生することもありません。
ご参考:
仕様・機能【サーバー向けクラウド型セキュリティ(Trend Micro Cloud One – Workload Security)】
https://pfs.nifcloud.com/service/dsaas.htm